根據(jù)1515年維也納第一次代表大會的規(guī)定,斐迪南于1515年7月22日與波希米亞和匈牙利國王弗拉迪斯勞斯二世的女兒雅蓋隆的安娜結(jié)婚。因此,1526年8月29日,他的妹夫,波西米亞與匈牙利的國王拉約什二世在莫哈克戰(zhàn)役中去世后,斐迪南按照規(guī)定繼承了這兩個王國。1526年10月24日,波希米亞議會在赫拉德塞議長亞當?shù)挠绊懴?,在確認遺產(chǎn)傳統(tǒng)特權(quán)的條件下,選舉斐迪南為波希米亞國王,并將哈布斯堡宮廷遷往布拉格。由于國會拒絕承認斐迪南為王國的世襲君主,這一成功只是局部的。
在1527年的塞廷選舉中,克羅地亞貴族一致選舉斐迪南一世為國王,并確認了他和他的繼承人的繼承權(quán)。作為王位的回報,斐迪南承諾在克羅地亞人與匈牙利王國聯(lián)合時尊重克羅地亞人的歷史權(quán)利、自由、法律和習俗,并保衛(wèi)克羅地亞不受侵犯奧斯曼帝國入侵。 在匈牙利,拉約什的秘書尼古拉斯·奧拉胡斯(Nicolaus Olahus)加入了斐迪南的政黨,但仍與斐迪南的妹妹,拉約什二世的遺孀瑪麗王后保持聯(lián)系。1526年12月,斐迪南在波茲松通過議會被選為匈牙利國王。匈牙利的王位成為斐迪南和特蘭西瓦尼亞的總督約翰·扎波利亞之間王朝爭端的主題。他們得到了匈牙利王國貴族不同派系的支持。斐迪南也得到了他的兄弟查理五世皇帝的支持。斐迪南在1527年9月的塔爾卡爾戰(zhàn)役和1528年3月的斯齊納戰(zhàn)役中擊敗了扎波利亞。扎波利亞逃離匈牙利,向蘇丹蘇萊曼申請支持,此舉使匈牙利成為奧斯曼帝國的附庸國。斐迪南一世
這導致了斐迪南的皇帝職業(yè)生涯中最危險的時刻,1529年,蘇萊曼利用匈牙利的支持,對斐迪南的首都維也納發(fā)動了大規(guī)模但最終沒有成功的進攻,這把斐迪南送到波希米亞避難。1533年,奧斯曼帝國又一次入侵被擊退(見《圍攻根斯》)。那一年,費迪南德與奧斯曼人達成和平,將匈牙利分為西部的哈布斯堡地區(qū)和東部的約翰·扎波利亞領(lǐng)地,后者實際上是奧斯曼帝國的附庸國。
1538年,在納格瓦拉德條約中,斐迪南誘導沒有孩子的扎波利亞任命他為他的繼承人。但在1540年,扎波利亞臨死前有了一個兒子,約翰二世·西吉斯蒙德,他很快被議會選為國王。費迪南德因此入侵匈牙利,但攝政王弗拉特·喬治·馬丁努齊(Frater George Martinuzzi)呼吁奧斯曼帝國給予保護。蘇萊曼進軍匈牙利(見圍攻布達(1541)),不僅把斐迪南趕出匈牙利中部,還迫使斐迪南同意為他在匈牙利西部的土地進貢。
約翰二世·西吉斯蒙德也得到了他的外祖父、波蘭國王西吉斯蒙德一世的支持,但在1543年,西吉斯蒙德與哈布斯堡人簽訂了一項條約,波蘭成為中立國。奧古斯都王子與斐迪南的女兒奧地利的伊麗莎白結(jié)婚。 蘇萊曼將特蘭西瓦尼亞和東匈牙利皇室分給了約翰二世-西吉斯蒙德,西吉斯蒙德成為“東匈牙利王國”,由他的母親伊莎貝拉·賈吉奧(Isabella Jagie??o)統(tǒng)治,馬丁努齊是真正的權(quán)力掌控者。但伊莎貝拉的敵對陰謀和來自奧斯曼帝國的威脅導致馬丁努齊改變主意。1549年,他同意支持斐迪南的主張,帝國軍隊進軍特蘭西瓦尼亞。在《魏森堡條約》(1551年)中,伊莎貝拉代表約翰二世·西吉斯蒙德同意放棄匈牙利國王的身份,并將王冠和王位移交給他。于是,匈牙利王室和特蘭西瓦尼亞去找了斐迪南,斐迪南同意承認約翰二世·西吉斯蒙德為特蘭西瓦尼亞的附庸王子,并將他的一個女兒許配給他。與此同時,馬丁努齊試圖讓奧斯曼人高興,即使他們派遣軍隊作出回應(yīng)。斐迪南的將軍卡斯塔爾多懷疑馬丁努齊犯有叛國罪,并在斐迪南的同意下殺死了他。 由于馬丁努齊此時是大主教和紅衣主教,這是一個令人震驚的行為,教皇尤利烏斯三世宣布絕罰卡斯塔爾多和斐迪南。斐迪南在87篇通信中向教皇提出了對馬丁努齊叛國的長期指控,得到了116名證人的支持。教皇在1555年宣布斐迪南無罪,并取消了逐出教會的禁令。 匈牙利戰(zhàn)爭仍在繼續(xù)。斐迪南沒能把奧斯曼帝國趕出匈牙利。1554年,斐迪南派奧吉爾·吉塞林·德布斯貝克到君士坦丁堡與蘇萊曼討論邊境條約,但他沒有獲得成功。1556年,議會將約翰二世·西吉斯蒙德送回匈牙利東部王位,直到1570年。德布斯貝克于1556年回到君士坦丁堡,第二次嘗試得到了成功。
哈布斯堡王朝的奧地利分支在奧斯曼戰(zhàn)爭中需要匈牙利的經(jīng)濟實力。在奧斯曼戰(zhàn)爭期間,前匈牙利王國的領(lǐng)土縮小了大約70%。盡管有這些巨大的領(lǐng)土和人口損失,規(guī)模較小、飽受戰(zhàn)爭蹂躪的匈牙利王國在經(jīng)濟上仍然比奧地利或波希米亞王國更為重要,即使在16世紀末也是如此。在斐迪南二世的所有王國中,耗盡的匈牙利王國依舊是他當時最大的收入來源。